El American kennel clubs y el UKC aceptan cuatro colores en los estándares de la raza Collie. El Kennel Club del Reino Unido acepta sólo tres. Cualquier color existente fuera de estas normas es técnicamente inusual. Decir que tiene un color raro no necesariamente aumenta su valor para el comprador o para la raza.
Colores estándar de un Collie. El American Kennel Club y el United Kennel Club limitan los colores del pelaje del collie a cuatro: sable, tricolor, azul merle y blanco. Los perros de color sable, tricolor y azul merle también suelen tener marcas blancas: cuello, patas o guantes blancos o la punta de la cola blanca. Los perros con estas marcas también pueden tener una mancha blanca en la cara o una que se extiende hasta la parte posterior de su cabeza. No se requiere ninguna cantidad mínima de color blanco pero estas marcas deben estar presentes. El Kennel Club (Reino Unido) elimina el blanco como un color aceptado en la raza.
El collie color sable tiene un pelaje con varios tonos de color dorado. Cada pelo dorado se mezcla con el negro creando una apariencia sombreada. La coloración sable es dominante a la coloración tricolor. El sable fue introducido en el collie en 1872 a través de un perro llamado Old Cockie que también introdujo colores ocultos en el gen sable. El collie tricolor es negro con manchas fuego sobre los labios y las mejillas, puntos de color canela sobre los ojos y manchas fuego sobre sus cuatro patas cuando no tienen marcas blancas. El collie azul merle es genéticamente un tricolor, tiene un gen adicional que diluye parte del color de su pelaje. Los Collies blancos raramente son blancos puros. El gen blanco «enmascara» el color verdadero del perro. Las manchas de color por lo general cubren el blanco, especialmente en la cabeza del perro.
Gunmetal (Pizarra) merle. El «bronce» o «pizarra» merle está caracterizado por marcas de color gris oscuro (azul) sobre un fondo gris claro. Es un color inusual aunque no raro en la raza. El bronce merle se produce en un Collie tricolor cuando el gen recesivo que diluye los colores se produce simultáneamente con el gen dominante que origina el patrón merle jaspeado. A diferencia de los Border collies, el gen diluido recesivo que causa la capa gris «azul» oscura no está presente en los genes de color del Collie. Estos ejemplares no son particularmente valiosos.
Rojo merle. El rojo merle también aparece debido al gen diluido recesivo que produce el color «rojo» o chocolate en la capa tricolor en combinación con el gen dominante diluido de merle. Esta combinación resulta en una serie aleatoria de marcas de color rojo oscuro sobre un fondo de color gris. El rojo merle y el color rojo de la base también son raros pero no hace que los perros sean más valiosos.
Sable merle. El sable merle es más común que los otros colores raros, sin embargo, no es particularmente bien conocido. Se presenta cuando el gen merle modifica el color sable del pelaje. No requiere de un gen recesivo diluido sino que el color oscuro merle sable varíe debido a la cantidad presente de negro en los pelos individuales del perro.
Blanco. El estándar americano para los Collie permite que una capa sea de color blanco en algunas variedades, estas ejemplares a menudo poco saludables se venden a veces como raros. Dos perros merle al cruzarse entre sí engendran un perro con manchas de color claro sobre un fondo blanco. Los perros de un criadero merle doble suelen ser sordos y con frecuencia nacen ciegos. La capa blanca merle es de hecho poco frecuente, pero el costo de las facturas del veterinario superarán cualquier otro valor adicional. Los criadores responsables y éticos reproducen sólo el collie blanco con el gen de enmascaramiento y no el merle doble.