Algunos perros de raza pura son genéticamente propensos a desarrollar enfermedades específicas en algún momento de sus vidas. Estos perros comparten ciertos rasgos como el color de ojos, el tamaño del conducto auditivo y la textura del pelaje. Unido a estas características comunes están los genes de enfermedades y trastornos congénitos o hereditarios.
Alergias. Los Poodles miniatura son propensos a varias enfermedades, padecimientos y trastornos, además de tener algunas de las enfermedades de sus parientes más grandes los Poodles estándar. Algunos padecimientos son relativamente pequeños como las alergias a ciertos alimentos, atopia o por inhalación. Una complicación de la atopia, la dermatitis atópica, es una enfermedad de la piel causada por una reacción a una alergia por inhalación.
Trastornos musculoesqueléticos. La Luxación de rótula es una condición en la que la rótula sale de su lugar y la Displasia epifisaria afecta el desarrollo de los huesos largos, pudiendo ser ambas enfermedades congénitas entre los Poodles miniatura. En el nacimiento también puede estar presente la predisposición a la Osteogénesis imperfecta que afecta el crecimiento normal y la función de los huesos, de igual forma puede verse afectado por la Osteocondrosis que afecta el cartílago articular. La enfermedad del Disco intervertebral se caracteriza por tener los discos fuera de lugar que son propensos a quebrarse. La enfermedad de Legg-Calve-Perthes es la falta de suministro sanguíneo adecuado a la cabeza del fémur provocando una necrosis parcial de éste. La displasia de cadera es otra enfermedad que afecta la cadera donde la cabeza femoral y el acetábulo no tienen una buena unión y puede producir dolor e incluso cojera en el animal que la padece.
Enfermedades autoinmunes. Varias enfermedades autoinmunes pueden afectar a los Poodles miniatura tales como la enfermedad de von Willebrand y la Hemofilia A, siendo ambos trastornos hemorrágicos; la Epilepsia y otras enfermedades neurológicas y cerebrales como la enfermedad de Cushing o las Glándulas suprarrenales hiperactivas, el Hipotiroidismo y la Glándula tiroides hiperactiva. La Miastenia gravis es una anormalidad de los músculos y los nervios.
Tumores. Los Poodles miniatura son propensas a los tumores cancerosos y no cancerosos que afectan la piel tales como Células basales, Tumores de las glándulas sebáceas y el Carcinoma de células escamosas.
Ojos y oídos. La sordera de una de las afecciones que se observa en algunos Poodles miniatura al igual que la ceguera nocturna. La Epífora o sobreproducción de lágrimas es más notable en los Poodles blancos que en ocasiones tienen manchas de lágrimas rojas o marrones. Las cataratas, glaucoma, atrofia del iris (la disminución del iris) y la atresia del conducto lagrimal (mal formado o conductos lagrimales desaparecidos) son todos los trastornos de los ojos. La Atrofia progresiva de retina es un deterioro progresivo de la retina que puede conducir a la ceguera. Las infecciones del oído son comunes en los Poodles de todos los tamaños.
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